La chiesa si articola su due livelli: il piano inferiore è suddiviso in tre navate, mentre quello superiore si presenta come un unico ambiente; entrambi i piani si sviluppano in corrispondenza dell’abside. Secondo gli studiosi, questa suddivisione interna indicherebbe l’originaria presenza di due chiese sovrapposte, con accesso al piano superiore tramite un portale situato sulla facciata posteriore.

All’interno si conservano alcuni affreschi attribuiti a Cola di Pietro, tra cui un’Ultima Cena, San Giorgio e la principessa, e un Martirio di Santo Stefano, caratterizzato da un imponente sfondo architettonico. Altri affreschi decorano la volta della navata centrale, mentre sulla parete sinistra è visibile una Dormitio Virginis. La Madonna del Latte, che un tempo ornava la navata centrale, è oggi custodita nella cappella della chiesa parrocchiale di Santa Maria Assunta.

Un’iscrizione sull’arco ricorda che nel 1722 la chiesa venne sostituita da una nuova struttura, a seguito di una frana. Lo stemma della famiglia Da Varano, visibile sulla parete meridionale del campanile, potrebbe riferirsi alla dimora del vescovo di Camerino Fabrizio Da Varano, che ospitò il poeta Pier Francesco Giustolo da Spoleto.